San Francisco accueille plusieurs équipes professionnelles : celle des San Francisco 49ers (National Football League) est la plus renommée et la plus ancienne de la ville. Cette équipe de football américain a débuté en 1946 et joue depuis 1971 dans le Monster Park au Candlestick Point. Elle a connu son apogée dans les années 1980 et 1990 en remportant cinq titres du Super Bowl grâce à des joueurs comme Joe Montana, Steve Young, Ronnie Lott ou Jerry Rice.

Les San Francisco Giants (Major League Baseball) sont l'autre équipe phare de la ville : la franchise fut créée à New York et y resta jusqu'au déménagement à San Francisco en 1958. Depuis